SIerはよくメーカー系・ユーザー系・独立系に分類されます。
それぞれどう違うのか見ていきましょう。
メーカー系SIer
文字通りメーカーだった企業ですね。
システムを構築する際に使用するソフトウェア・ハードウェア・ネットワーク機器などを製造していた主に日立・富士通・NECのITシステム子会社のことを指します。
会社例：日立ソリューションズ、富士通エフサス、NECソリューションイノベータなど
自社グループで製造している商材を優先的に使用した方が、グループ全体の売上が増えるため、自社商材を優先的に使用することとなります。
自社商材の場合、顧客要望の機能を優先的に対応できる、不具合・障害対応で製造部門との連携が取りやすいなどのメリットがあります。
一方で自社商材の競争力が弱い場合は、競合他社と比べて提案が弱くなってしまうというデメリットもあります。
また、待遇面で親会社のブランド力やグループとしての福利厚生などを受けることができます。
ユーザー系SIer
ユーザー系は事業会社（銀行や商社など）の情報システム部門が独立・子会社化した会社を指します。
会社例：野村総合研究所、伊藤忠テクノソリューションズ、日鉄ソリューションズなど
元々が親会社のシステムを担当していたことから、親会社からのお仕事（内販と呼びます）は上流部分を担当することができます。
親会社のシステム構築ノウハウを元に社外向けにシステム構築事業を提供している（外販）会社についても直契約にてシステム構築を行うため、主に上流を担当できる場合が多くなります。
実際のシステム構築については開発会社にお願いするケースが多くなるため、顧客との要件の調整・開発会社のマネジメントなどのお仕事をする比率が高くなります。
メーカー系と同じく親会社のブランド力やグループの福利厚生を受けることができます。
独立系SIer
独立系は誰かが作ったITに関する事業を行っている会社となります。
会社例：TIS、大塚商会、オービックなど
親会社などの制約がなく、お客様に直接幅広い提案を行うことができます。
また、メーカー系やユーザー系SIerの開発会社として開発・構築部分のお仕事を行っている会社もあります。
親会社などからの安定的なお仕事がなく、基本的に自分たちで営業する必要があるため、成果を求める会社が多くなりやすいです。
まとめ
メーカー系・ユーザー系・独立系はあくまで、成り立ちのくくりであり、参考程度にとどめておいてよいかなと思います。
どのような業種・業界・工程に携わりたいか、その企業でそれが実現できるのかを一社一社見極めていくのが良いかなと思います。